Los flamencos ya llevan existiendo desde hace mucho tiempo. Los fósiles encontrados indican que por lo menos desde el Mioceno (hace aproximadamente 10 millones de años).
De forma mayoritariamente son considerados como una familia dentro del orden de las cigüeñas (Ciconiiformes). Sus proteínas (albúminas) se parecen a las de las garzas (familia Ardeidae).
Tomando como base su comportamiento y los parásitos de las plumas se parecen más a las anátidas (orden Anseriformes), pero recientemente fueron emparentados con el orden de los Charadriiformes, comparados por el parecido entre flamencos y el Cladorhynchus leucophalus.
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